Sequia y Bicampeonato.

Desde el Clausura 2000 el equipo no lograba campeonizar, cuatro finales perdidas, (Alianza F.C (1-0) Apertura 2001, San Salvador FC (3-1) Clausura 2003, CD FAS (3-1) Clausura 2005, e Isidro Metapan (1-0) Clausura 2007), Sin embargo para el Apertura 2007 logran de nuevo el trofeo al derrotar a las asociados de CD FAS 5-3 en penaltis (1-1 tiempo regular), y posteriormente alcanzarían al bicampeonato Clausura 2008 ganando de nueva cuenta al representativo de la “Ciudad Morena”, esta vez 1-0 ya en tiempo extra.

Tras de nuevo caer en un periodo de cinco años sin títulos, incluida una final perdida frente a Isidro Metapan (Clausura 2009), vuelve de nuevo a la pelea de una final para el Clausura 2013 donde con un polémico 3-0, vencen a CD FAS alcanzando el décimo y último campeonato doméstico en su país hasta el momento previo a su descenso y compra de categoría.